Начавшаяся война прервала научную и творческую деятельность Ю.В.Кондратюка. Сотрудники ПЭК ВЭС записались в ряды добровольцев и в ночь на 7 июля 1941 г. пешком ушли на фронт в составе дивизии народного ополчения Киевского района Москвы. Последний бой, в котором он принимал участие, состоялся 25-26 февраля 1942 г. на левом берегу Оки на плацдарме между населенными пунктами Ветренцы и Кравцовские выселки Орловской области. Бои тогда шли тяжелые и кровопролитные. Обстоятельства гибели Ю.В. Кондратюка, время и место его захоронения до сих пор остаются неизвестны.

24 года А.И.Шаргей жил под собственным именем, а затем ещё 20 под именем Ю.В.Кондратюка. А «в жизни после сметри», всё произошло в обратном порядке: долгие годы он для всех был Кондратюком, а потом стал А.И.Шаргеем.

В 1967 г. Генеральная ассамблея Международного астрономического союза приняла решение о присвоении имени Ю.В. Кондратюка одному из кратеров на обратной стороне Луны.

В 1993 г. имя ученого было присвоено малой планете (астероиду), открытой астрономом Крымской обсерватории Н.С. Черных.