Особенно трагичен период жизни Ю.В. Кондратюка в 30-е годы. В июле 1930 года Ю.В. Кондратюк и его друг П. Горчаков были арестованы.

Им было предъявлено обвинение во вредительстве, направленном к срыву строительства элеваторов, а отсюда как следствие и хлебозаготовок. Так в его биографию вошла судимость по статье 58-7. Из материалов дела: Кондратюк Ю.В. - заключить в концлагерь сроком на три года. Только спустя 30 лет Кондратюк был реабилитирован.

Он и его товарищи по «делу» направлены на строительство завода горного оборудования (ныне это Новосибирский авиационный завод имени Чкалова) Но  и здесь Ю.В. применил свой талант- изобрел шахтный копёр башенного типа, выполненный в подвижной опалубке. В 1931г.в ноябре судебная коллегия принимает решение: оставшийся срок заменить высылкой в Западную Сибирь для работы на предприятиях «Союзхлеба» и «Хлебостроя».

Находясь в заключении Кондратюк принимает участие в конкурсе на проектирование мощной ветроэлектростанции. И побеждает в этом конкурсе. Он спроектировал ветроэлектростанцию мощностью 12 тыс. кВт, высотой 165м диаметром ветроколеса - 80м. В Крыму началось строительство  данной электростанции, был уже заложен подпятник на горе Ай-Петри. Но умирает нарком тяжелой промышленности Серго Орджоникидзе,  и проектное бюро было преобразовано в небольшую контору по проектированию ветроэлекторостанций малой мощности.